教育部對陸生「三限六不」，不少陸生認為受到歧視。三限是指限制採認大陸高校數量、限制來台陸生總量及限制醫事學歷採認；六不則是不加分優待、不影響國內招生名額、不編列獎助學金、不允許在學打工、不得在台就業和不得報考公職。

何卓飛說，目前「一限一不」入法，包括不採認醫事學歷及不得報考公職，要修法沒那麼快，會從其他不涉修法的部分研擬檢討方案，並跟相關部會討論，新的年度可開始做。何卓飛說，陸生來台文書、體檢和保險等辦理程序都可再改善，希望能提供陸生更多簡便，如陸生需先在大陸自行辦理保險，現在考慮找一家台灣的保險公司來承辦，方便陸生統一辦理，也可壓低保費。但比照外籍生加入健保則不可能，因涉及兩岸人民關係條例。至於目前陸生連在校內擔任研究助理都受限制，何卓飛說，這部分要看如何認定？可以討論。教育部也考慮開放國立大學可招收大陸大學生，但何卓飛說，今年可能來不及。

大陸目前只開放沿海 6 省市陸生可來台讀學位，不少大學呼籲放寬，何卓飛說，會跟大陸方面溝通，希望能放寬。世新大學校長賴鼎銘說，來台陸生人數應再增加，採認學歷的學校應從985工程擴大到211；也應替陸生解決保險、放寬可在校園工讀；要拉平和境外學生待遇，也要讓陸生可以拿獎學金。

實踐大學校長、陸聯會常務委員陳振貴表示，要開放限制，須從法條下手；他指出，2011年大陸教育部辦公室密發了一條「防止兩岸有關機構違規介入大陸學生赴台灣高等學校就讀事務」通知，規定大陸不得讓台灣學校到內地招生宣傳，而此規定正是因為台灣先反對大陸高校來台宣傳。