多名畢業已取得大陸碩博士的台生指出，教育部對「溯及既往」仍舉棋不定，根本沒有擔當。教育部既然承認了大陸頂尖的四十一所大學（含碩博士）學位，還設個時間點來分取得學位的時間先後。難道在教育部公告以後，這四十一所大學是一夕間才冒出來的？

四十一所學校中，不論北大、清華、復旦、南京、上海交大等校，都擁有百年以上歷史，這些學校持續在大陸領先群倫，不會因公告時間的先後而有不同差別。

還有台生認為，既然教育部採認大陸「九八五工程」的學校，何不就以「九八五」開始實施的一九九八年做為起始承認年份。

三年前獲得復旦大學博士學位，目前在世新大學擔任講師的黃聿清指出，教育部把明年六月做為開放時點，但對之前已獲得學位的台生應有階段性的配套措施，例如組成論文審查機制，由曾去過大陸、與大陸有過交流的老師擔任審查委員，對先前的台生進行學位與論文審查把關。