港澳回歸中國大陸以後，港澳學生失去僑生資格，教育部另訂「香港澳門居民來台就學辦法」，規定在港澳出生連續居留至今，或最近連續居留港澳8年以上，才能申請來台灣就讀。目前港澳生有119人就讀台灣的中小學，每年有600多人就讀大一，3/4是澳門學生。

近年來由於香港的大學質量明顯提升，加上大陸的名校也用獎學金招攬港澳生，港澳來台留學人數停滯不前，為增加國內學校招生來源，教育部放寬港澳生就學條件。

教育部大陸小組執秘林淑貞指出，港澳居民來台就讀國中，畢業可申請分發就讀國立華僑高中；若想就讀一般公立高中，則要比照一般生考國中基測，且無法加分。想就讀私中、高職或五專，應先取得志願學校同意函。

港澳生就讀國內大學，應參加海外聯招。林淑貞說，目前各大學可以外加10%名額，招收港澳或僑生，但不能就讀進修學校，要讀正規學制；港澳生大學畢業後，可申請研究所，通過志願學校審核才能就讀。